抵押权是指债权人在债务人未能按照合同约定履行债务时，可以依法优先在债务人的财产中得到清偿的一种权利。根据我国法律规定，厂房是可以被抵押的财产之一。因此，苏州农村公司的厂房也可以被设置抵押权。

首先，根据《中华人民共和国所有权法》的规定，所有权人对自己的财产享有占有、使用、收益和处分的权利。在此基础上，所有权人可以将其财产抵押给债权人作为债务的担保。而厂房作为一种不动产，其所有权可以被转让、抵押等，因此苏州农村公司的厂房也可以被设置抵押权。

其次，根据《中华人民共和国担保法》的规定，抵押权是指抵押人以其拥有的不动产或动产财产为担保向债权人提供的一种担保方式。在贷款或借款等情况下，若债务人不能按时还款，则债权人可以通过抵押权优先获得债务人的财产进行清偿。因此，苏州农村公司的厂房可以作为担保物，为其贷款提供保障。

最后，根据《中华人民共和国物权法》的规定，不动产抵押的设立必须通过登记。因此，苏州农村公司的厂房在作为抵押物时，必须在不动产登记机构进行登记，以确立抵押权的效力。同时，在使用厂房作为抵押物时，苏州农村公司应当注意抵押合同的具体条款，以避免因为抵押合同的不合理性而产生纠纷。

综上所述，苏州农村公司的厂房是可以被设置抵押权的。在使用厂房作为担保物时，应当依据法律规定进行登记，并注意抵押合同的具体条款，以确保抵押权的有效性和合法性。